آیت الله حاج سید علی حسینی میلانی در ماه مبارک رمضان سال 1367 هجری قمری مطابق با سال 1327 شمسی در نجف اشرف در میان خانواده‌ای علمی، اصیل و ریشه‌دار و معروف به علم و تقوا و فضیلت دیده به جهان گشود.

• از تبار پاکان

پدر بزرگوارش آیت الله حاج سید نورالدین میلانی فرزند ارشد آیت الله العظمی میلانی می‌باشد که در 14 شوال 1336 قمری در نجف اشرف متولد گردید. دروس علوم الهی را در نزد مشاهیر و بزرگان فرزانه و نامدار عتبات عالیات همانند آقا سید زین العابدین کاشانی، حاج آقا حسن طباطبایی قمی، شیخ محمدعلی اردبیلی، شیخ علی محمد بروجردی، والد بزرگوارش و آقا سید ابوالقاسم خویی تکمیل و مبانی علمی خویش را استوار نمودند. آقا سید نورالدین امام جماعت حرم سیدالشهداء (علیه السلام) بودند و اهتمام جدی و ویژه به مسایل اجتماعی و رسیدگی به احتیاجات مردم داشتند و به همین علت در میان اهالی کربلای معلی دارای محبوبیت فوق العاده‌ای بودند. آن جناب اقداماتی اساسی در مسائل مهم داشته اند از قبیل استقلال کشمیر، که مکرراً به سازمان ملل مخابره کرده و با چهار زبان بر علیه اسرائیل ایراد نطق نموده که نظر محافل سیاسی و همگانی را به خود معطوف گردانید. وی با مسافرت به کشورهای مختلف اسلامی خدمات مؤثری را به مردم آن کشورها انجام داده‌اند. تأسیس کتابخانه‌ای عمومی به نام سیدالشهداء در کربلای حسینی از مهم‌ترین آثار ماندگار آن بزرگوار می‌باشد. سید نورالدین در سال 1393 قمری از سوی حاکمان حزب بعث عراق به همراه سایر علما و ایرانیان اخراج گردید و بعد از ورود به ایران در شهر ری ساکن گردید.
آیت الله حاج سيد نورالدین حسینی میلانی در سال 1425 قمری دارفانی را وداع گفت و پیکر پاکش در سرزمین مقدس قم و در قبرستان شیخان بخاک سپرده شد.
مادر ارجمند آیت الله سید علی حسینی میلانی نیز دختر حجت الاسلام والمسلمین سید حسین رضوی تبریزی نجفی (متوفای 1357 قمری) فرزند آیت الله العظمی مجاهد بزرگ سید علی رضوی تبریزی، بانویی پرهیزگار و متهجد و در جهات اخلاقی صاحب امتیازاتی بودند که در سال 1375 قمری در نجف اشرف دار فانی را وداع و در صحن مطهر علوی مدفون گردید.

• جد بزرگوار

آيت الله العظمی سید محمدهادی میلانی (ره) جد بزرگوار آیت الله حاج سیدعلی حسینی میلانی از مراجع عالیقدر تقلید جهان شیعه می‌باشد که شرح زندگی و خدمات علمی، فرهنگی و سیاسی وی در گلشن ابرار آمده است.
علامه سید علی حسینی میلانی اجداد و تبار با فضیلت خویش را اینگونه معرفی نموده است:

خاندان ما میلانی منتسب به شهرک میلان در نزدیکی‌های تبریز است. در حدود 250 سال پیش مردم آن منطقه دیدند که در آن دیار سیدی از اولاد پیامبر(صلی الله علیه وآله وسلم) وجود ندارد. بخاطر اینکه آن منطقه به وجود سادات صاحب برکت شود، این موضوع را با علمای تبریز در میان نهادند و نتیجه این شد که حجاج در موسم حج از رئیس سادات مدینه تقاضا نمایند تا سیدی را به همراه آنها با خودشان بیاورند. دو نفر از سادات مدینه به نامهای سیدعلی اکبر و سید حسین که با هم برادر بودند به تقاضای مردم و علما جواب مثبت دادند و به همراه آنان آمدند و در این منطقه ساکن شدند که سید علی اکبر جدّ ماست. سید علی اکبر نوادگانی دارد به نام سید احمد که جهت تحصیلات علوم دینی ساکن نجف اشرف گردید و از شاگردان صاحب جواهر بود، فرزند وی سید جعفر که از فضلاء حوزه علمیه نجف اشرف بود مفتخر به دامادی آیت الله العظمی شیخ محمدحسن مامقانی عالم و مرجع بزرگ عصر خود گردید که جدم آیت الله العظمی سید محمدهادی حسینی میلانی داماد فرزند آن بزرگوار و داماد دایی خود آیت الله العظمی شیخ عبدالله مامقانی می‌باشد. اما بنده از طرف مادری نیز منتسب به خاندان علم و تقوا و فضیلت هستم. مادرم که بانویی پرهیزگار، اهل عبادت، متهجد و از لحاظ اخلاقی ممتاز بودند دخت علامه سید حسین رضوی تبریزی نجفی است که در سال 1375 قمری در نجف درگذشت و در صحن مطهر علوی مدفون گردید. سید حسین فرزند برومند آیت الله العظمی آقا سید علی رضوی تبریزی ملقب به داماد است چرا که وی نیز داماد آیت الله العظمی شیخ محمدحسن مامقانی است. مادر این بانو، دختر علامه شیخ حسن شربیانی فرزند عالم بزرگ آیت الله العظمی فاضل شربیانی است که از بزرگان شیعه امامیه عصر در نجف اشرف بود.
مادر پدر بزرگوارم نیز دختر گرامی مرحوم آيت الله شیخ عبدالله مامقانی فرزند عالم بزرگوار آیت الله العظمی شیخ محمدحسن مامقانی(ره) ‌است و لذا انتساب بنده از دو طرف پدر و مادر به آیت الله العظمی حاج شیخ محمدحسن مامقانی می‌باشد.

• تحصیل و اساتید

علامه بزرگوار حضرت آیت الله حاج سید علی حسینی میلانی دوران رشد و بالندگی خود را در حوزه علمیه کربلا و سپس حوزه علمیه نجف اشرف پشت سر نهاد، ایشان هنوز ده بهار از عمرش نگذشته بود که به همراه خانواده‌اش نجف اشرف را ترک و به کربلای معلی مهاجرت کردند و در جوار مرقد جدش حضرت سید الشهداء (علیه السلام) ‌رحل اقامت افکنده و تحصیلات خود را در این شهر آغاز نموده و از محضر عالمان و دانشمندان فرزانه حوزه علمیه کربلا کسب فیض و دانش کردند که معظم له درباره علت هجرت و مراحل تحصیلی و اساتید بزرگوارش این چنین توضیح داده‌اند: «من شاید کمتر از ده سال داشتم که جدم آیت الله العظمی سید محمدهادی میلانی با دعوت آیت الله العظمی حاج آقا حسین طباطبایی قمی (رحمه الله علیهما) به کربلا منتقل شدند. مرحوم حاج آقا حسین قمی رهبر قیام مسجد گوهرشاد بود که بعد از آن قضیه، توسط رضاخان از ایران تبعید شدند. ایشان وقتی که در کربلا ساکن شدند در جهت احیای حوزه مقدسه کربلا، از عده‌ای از علمای نجف دعوت به عمل آوردند که مرحوم جدم از جمله آنها بود. بدنبال هجرت جدّمان، همه خانواده به کربلا منتقل شدیم وقتی به کربلا آمدیم من تحصیلاتم را در این شهر شروع کردم و اساتید بزرگوارم غالباً از شاگردان جدّم می‌باشند.
ادبیات و منطق را در نزد آیت الله سید مرتضی طباطبایی حائری و آقازاده ایشان حجت الاسلام والمسلمین سید محمد طباطبایی حائری خواندم، مرحوم آقا سید محمد نیز عالمی محبوب و مردم‌دار بود که بخاطر دسیسه‌ای که دشمنان برای او درست کردند 20 سال از عمرش در زندان‌های صدام سپری گردید و اندکی بعد از آزاد شدن رحلت کرد. وی در «مدرسه بقعه» تدریس می‌کردند. این مدرسه بخاطر آنکه مدفن آیت الله آقا سید محمد مجاهد (متوفای 1242 قمری) در آنجا قرار دارد به مدرسه بقعه معروف شده است. اما معالم و معانی و بیان را در نزد حجت الاسلام والمسلمین آقا شیخ عبدالحسین بیضائی که از شاگردان جدم بود فراگرفتم و نیز لمعه را در نزد حجت الاسلام والمسلمین آقا سید محسن جلالی کشمیری در همان مدرسه خواندم، ‌بخشی از رسائل و مکاسب را در نزد حجت الاسلام والمسلمین آقا شیخ محمد صدقی مازندرانی خواندم. مرحوم صدقی مازندرانی دارای ولایت فوق العاده‌ای بود که بعدها به قم آمد و در حوزه قم ساکن و مشغول تدریس گردید و نیز در همین شهر فوت کرد و در قبرستان نو بخاک سپرده شد. سپس برای ادامه تحصیل به نجف اشرف منتقل شده و بخش دیگر رسائل و مکاسب را در نزد آیت الله آقا شیخ مجتبی لنکرانی فرا گرفتم که ایشان هم به ایران آمد و در اصفهان ساکن گردید و در صحن مطهر حضرت معصومه (سلام الله علیها) مدفون هستند، و بعد به خواست جدم به مشهد مقدس رفتم و کفایه را در نزد آیت الله آقای عندلیب سبزواری که از شاگردان جدم بود فراگرفتم.
حضرت آیت الله حاج سید علی حسینی میلانی درباره چگونگی مهاجرت خود، به ایران و تحصیل در مشهد مقدس و قم را این گونه بیان کرده است: جدم مرحوم آیت الله العظمی میلانی(ره) که در سال 1373 قمری جهت زیارت امام رضا (علیه السلام) به ایران آمدند، با اصرار فراوان علماء در مشهد مقدس ماندگار شدند. به پدرم نامه‌ای نوشتند و از ایشان خواستند که فلانی (بنده) را به مشهد بفرستید تا هم درس بخواند و هم در کارها به من کمک نماید و لذا بنده در حدود سال 1350 شمسی به مشهد مقدس آمدم و به مدت سه سال و نیم از محضر جدم بهره‌مند شدم تا اینکه ایشان مریض شد و درس تعطیل گردید. بعد از رحلت ایشان در ماه رجب سال 1394 هجرى قمرى (1353 شمسی)، جهت ادامه تحصیل به قم آمدم.

• اساتید نامدار

آیت الله حاج سیدعلی حسینی میلانی جهت تکمیل تحصیلات عالیه و افاده و افاضه اندوخته‌های علمی و معنوی رهسپار دیار کریمه اهل بیت حضرت معصومه(سلام الله علیها) گردید و زانوی علم و ادب در مکتب علمی اساتید نامدار بر زمین زده و از خرمن دانش بیکران آنان خوشه‌های فراوانی چیدند. اسامی اساتید نامدار وی عبارتند از آیات عظام:

1. آیت الله العظمی حاج سید محمدرضا موسوی گلپایگانی (متوفای 1414 قمری) در فقه:

حضرت آیت الله میلانی در درس فقه این استاد بزرگوار حاضر شد و مطالب درس او را به زبان عربی نوشت که چندین مجلد آن طبق دستور استادش به چاپ رسید که در این باره وی چنین گفته است:
وقتی در درس آیت الله العظمی گلپایگانی رفتم ایشان کتاب حج را درس می‌گفتند، بعد کتاب بیع را شروع کردند و من مطالب درس ایشان را در همان جلسه به صورت عربی می‌نوشتم. تا اینکه ایشان در جلسه درس اظهار تمایل کردند که دفاتر تقریرات شاگردان را ببینند که من هم جزوه‌ام را خدمت ایشان ارسال کردم. بعد از چندی آقازاده ایشان مرحوم حجت الاسلام حاج آقا مهدی به من گفتند که آقا با شما کار دارند؟ آن موقع من طلبه جوانی بودم، گفتم ولی من با آقا کار ندارم؟ مجدداً اصرار کرد و گفت: جزوه شما مورد پسند آقا واقع شده و می‌خواهند در این رابطه با شما حرف بزنند. قبول کردم و به منزل ایشان رفتم و معلوم شد دفاتر زیادی را به ایشان داده‌اند که همه را مطالعه کرده‌اند. تا من را دید از اسم من سؤال کرد خودم را معرفی کردم بسیار خوشحال شد و اظهار گلایه کرد که چرا زودتر خودم را معرفی نکردم؛ خلاصه ایشان فرمود: این جزوه شما بسیار خوب است و دلم می‌خواهد ادامه بدهی و هر هفته آن را بیاری تا من ببینم آن وقت ایشان به عنوان تشویق به بنده جایزه خوبی دادند. من هم مرتب مطالب ایشان را می‌نوشتم و خدمت ایشان می‌دادم که جلد اول کتاب بیع با دستور ایشان چاپ شد. تا اینکه انقلاب شروع شد و درس ها به مدت یک سال تعطیل شد. بعد از انقلاب ایشان فرمودند چون انقلاب شد و مملکت الان نیاز به قاضی دارد ما درس قضا و شهادت را شروع می‌کنیم که من هم مطالب این درس را نوشتم و بعد از دستور ایشان و تقرِِيظشان بر آن، در 3 جلد به چاپ رسید.

2. آیت الله میرزا کاظم تبریزی (متوفای 1416 قمری) در فقه

وی درباره این استاد ارجمندش می‌گوید: حضرت آیت الله العظمی میرزا کاظم تبریزی فقیه و اصولی بزرگی بود و انصافاً در حکمت و فلسفه متبحربود.

3. آیت الله العظمی حاج شیخ حسین وحید خراسانی(دام ظله) در فقه و اصول

آیت الله میلانی از شاگردان برجسته آیت الله العظمی وحید خراسانی در فقه و اصول به شمار می‌آیند و به امر و دستور استادش درس خارج فقه و اصول را در حوزه علمیه قم آغاز کرده‌اند و مبنای تدریس خود را در خارج درس اصول، مطالب اصولی استادش قرار داده است و کتاب تحقیق الاصول که از مؤلفات او است مشتمل بر مطالب درس استادش می‌باشد و 6 جلد از آن را به چاپ رسانده و منتشر ساخته است.

4. آیت الله العظمی حاج سید محمد روحانی (متوفای 1418 قمری) در اصول

5. آیت الله حاج شیخ مرتضی حائری یزدی (متوفای 1406 قمری) در فقه

آیت الله میلانی در طی دوران تحصیل همواره مورد احترام و عنایت بزرگان و اساتید نامدارش بوده‌اند و خصوصاً به دو تن از اساتید بزرگوارش آیات عظام گلپایگانی و وحید خراسانی مبذول داشته و ملازمت و تقریرات درسی آن دو استاد گرانمایه را به رشته تحریر درآورده‌اند.

• تدریس خارج فقه و اصول

حضرت آیت الله میلانی همانند سیره همه بزرگان حوزه‌های علمیه همزمان با تحصیل و کسب علم و دانش نیز به تدریس علوم اسلامی اشتغال ورزیده و هر کتابی را که فرا می‌گرفت کتاب قبل را تدریس می‌کردند و هم اینک کرسی تدریس خارج فقه و اصول در حوزه علمیه قم دارند و دهها نفر از طلاب و فضلا در مکتب علمی ایشان شرکت و از دانش بیکران ایشان بهره‌مند می‌گردند. روش و مبنای تدریس ایشان به همان سبک و شیوه‌ای است که جدش از آن استفاده می‌کردند. یعنی ابتدا ایشان متن و عبارت کتاب فقه یا اصول را می‌خوانند و آن‌گاه آیات و روایات مربوط به هر موضوع را با دسته‌بندی جالبی مطرح و سپس با ذکر اقوال و بحث و بررسی و نقد آن نتیجه‌گیری می‌نمایند. آیت الله میلانی علاوه بر تدریس دروس رسمی خارج فقه و اصول، به تدریس دروس اعتقادات پرداخته و از آنجایی که معظم له در این فن مهارت ویژه‌ای دارند همواره مشتاقان فراوانی داشته است و هم اینک وی یکی از اساتید مبرّز و برجسته دوره تخصصی اعتقادات در حوزه علمیه قم به شمار می‌آیند و موفق به تربیت و پرورش دهها متخصص در مکتب علمی خویش شده‌اند.

• خدمات علمی، فرهنگی، اجتماعی

حضرت آیت الله میلانی از عالمان و محققان پر تلاش و پرکار و موفق حوزه‌های علمیه به شمار می‌آیند که علاوه بر تدریس و تربیت شاگردان فاضل، نیز دارای قلمی شیوا و مستدل بوده و در عرصه‌های گوناگون صاحب خدمات و آثار علمی، اجتماعی، فکری، فرهنگی فراوانی می‌باشند که فهرست برخی از آنها عبارتند از:

1. تأسیس مؤسسه‌ی مرکز الرساله در قم

آیت الله میلانی درباره علت تأسیس این مرکز دینی می‌گوید: «مردم مسلمان عراق به ویژه شیعیان در زمان حکومت ظالمانه صدام از انجام همه کارهای فرهنگی محروم بودند. ما در جهت راستای بیداری و آگاهی شیعیان خصوصاً جوانان اقدام به تأسیس مؤسسه‌ای کردیم که در این مرکز جزوات ارزشمندی به زبان عربی چاپ و به عراق ارسال می‌گردد. بعد از سقوط رژیم صدام، این جزوات جای خود را در میان مردم خصوصاً جوانان مسلمان و مشتاق باز کرده است و موفق شدیم تاکنون بیش از 70 جزوه را تدوین و چاپ و به عراق ارسال نماییم».
بودجه این مؤسسه را دفتر حضرت آیت الله العظمی سیستانی تأمین نموده و ریاست علمی آن را آیت الله میلانی برعهده داشته و با همکاری جمعی از فضلا به حیات فرهنگی علمی خویش تداوم می‌بخشد.

2. تأسیس مرکز پژوهش های اعتقادی (مرکز الأبحاث العقائدیه)

این مرکز فرهنگی با همکاری جمعی از شاگردان ایشان اداره می‌شود، فعالیت‌های خوبی را در جهت پاسخگویی و دفع شبهات اسلامی و به زبان عربی انجام داده است.

3. تأسیس بنیاد فرهنگی امامت

کمبود متخصصان امامت پژوه در حوزه‌های علمیه و هجمه‌های روز افزون از سوی مخالفان ولایت، ضرورت تأسیس نهادی مستقل و تخصصی در حوزه امامت را بیش از پیش نمودار می‌ساخت تا ضمن پر نمودن خلاءهای موجود پاسخگوی نیازهای علمی و آموزشی در داخل و خارج از کشور باشد. گام‌های نخست در این میسر پس از حمایت مراجع عظام با راه‌اندازی درس خارج امامت در سال 1383 توسط حضرت آیت الله میلانی رقم خورد و سپس واحد احیای آثار امامت زیر نظر ایشان آغاز به کار نمود. پس از آن بود که با افتتاح مرکز آموزش‌های تخصصی امامت اهل بیت(ع) و گزینش طلاب مستعد و انگیزه‌مند، آموزش دروس امامت در حوزه شکلی نظام‌مند یافت ضرورت توسعه تحقیقات با موضوع امامت و نیز احیای فرهنگ ولایت اهل بیت(ع) در بین نخبگان و توده‌های مردم سبب شد که ایده تأسیس مؤسسه‌ای جامع در این عرصه مدنظر قرار گیرد. خوشبختانه با تأیید نهادها و مسئولان محترم جمهوری اسلامی که گسترش و تقویت مذهب جعفری را سرلوحه کار خویش دارند بنیاد فرهنگی امامت تأسیس گردید و به صورت رسمی کار خود را از سال 1387 آغاز کرد. فعالیت‌های گسترده این بنیاد در چند بخش اصلی بدین شرح است:
الف) معاونت آموزشی و مرکز تخصصی امات اهل بیت(ع): که این بخش با تلاش‌های پیگیر جمعی از اساتید و کارشناسان مباحث امامت در سال 1386 نخستین دوره تخصصی آموزش با پذیرش جمعی از فضلای علاقه‌مند و مستعد آغاز کرد. تدریس مستمر آیت الله میلانی و سایر اساتید در این دوره، ‌مجموعه پر باری را برای طلاب و دانش پژوهان این عرصه فراهم آورد و تقاضای مکرر طلاب حوزه را برای بهره‌گیری از این آموزش‌ها سبب گردید. بر همین اساس و با تأکید و اعلام ضرورت بزرگان حوزه در سال 1388 رشته تخصصی امامت (سطح 3) در شورای گسترش حوزه‌های علمیه تصویب شد و مرکز تخصصی امامت اهل بیت(ع) به طور رسمی افتتاح گردید. دوره دوم تخصصی امامت با اخذ مجوز رسمی از حوزه علمیه قم خرداد 89 پذیرش گردید. این مرکز در پنجمین سال تأسیس خود، سومین دوره تخصصی امامت را از ابتدای مهر ماه 1390 برگزار نمود. تلاش برای اخذ مجوز سطح 4 از حوزه علمیه در دستور کار این مرکز قرار دارد.
برخی از عناوین دروس دوره تخصصی عبارتند از:
1. فلسفه و جایگاه امامت
2. نظریه‌های امامت و خلافت
3. روش‌شناسی مباحث امامت
4. تاریخ تحلیلی امامت
5. شئون و مناصب امام
6. مباحث مهدویت
7. شبهه‌شناسی امامت
8. وظایف امت در برابر امام
9. نقد وهابیت
10. کلام مقارن
11. فقه مقارن
12. رجال مقارن
13. تاریخ تشیع
14. زبان انگلیسی تخصصی
15. عربی معاصر
16. روش تدریس، تحقیق و مناظره
17. تاریخ اسلام
18. مناظرات امامت و ...
ب) معاونت پژوهش و مرکز تحقیقات امامت: این بخش در آغاز با عنوان مرکز نورالانوار فی احیاء بحارالأنوار در سال 1381 شمسی در مشهد مقدس به تصحیح و نشر مصادر بحارالأنوار اشتغال داشت و بعد از یک سال و نیم فعالیت به قم منتقل گردید و هم اکنون علاوه بر احیای مصادر بحار، به احیای کتب امامتی نیز می‌پردازد. این بخش تلاش دارد با بهره‌گیری از اساتید امامت پژوه، طرح‌های تحقیقاتی مورد نیاز در حوزه امامت را به انجام رساند. برخی از بخش‌های عمده‌ی این مرکز عبارتند از:
1. گروه تدوین متون امامتی
2. گروه احیای تراث
3. گروه کارگاههای تخصصی پژوهش
4. بخش پاسخ به شبهات
5. فصلنامه تخصصی امامت
6. سایت بنیاد
7. کتابخانه تخصصی امامت
کتابخانه تخصصی امامت هم اکنون دارای 4500 عنوان با حدود 7500 جلد کتاب است.
این معاونت بیش از 4500 نسخه کتاب خطی در مباحث امامت را جمع آوری و اقدام به احیاء و چاپ آنان می‌پردازد.
ج) معاونت فرهنگی و تبلیغی: این معاونت به منظور نهادینه کردن فرهنگ امامت و تشیع در بین آحاد جامعه، دفاع از مذهب حقه اثنی عشری و تبیین مبانی اصیل آن در محافل فرهنگی آسیب‌پذیر، توسعه گفتمان مشترک امامت و ولایت و ایجاد گرایش در سایر ملل و آماده‌سازی و تربیت نیروهای مستعد جهت تبلیغ کارشناسی و مدیریت فرهنگی در عرصه امامت فعالیت‌های ارزشمندی را در دست اقدام دارد. این مرکز اقدام به اعزام مبلغان متخصص به شهرستانها و نقاط مرزی و سازمان‌ها و نهادها را در ایام تبلیغی نموده است و نیز برگزاری دوره‌های مهارتی تبلیغ و مناظره و تدریس جهت دانش‌پژوهان مرکز تخصصی امامت را با هدف افزایش توانایی مبلغان متخصص امامت در عرصه‌های فوق.
د) معاونت امور دفاتر: در راستای ترویج فرهنگ امامت در أقصی نقاط ایران اسلامی و خارج کشور سال 1389 مطالعاتی جهت توسعه دفاتر و شعبه‌های بنیاد آغاز گردید. به لطف الهی در سال 1389 واحد تهران آغاز به کار کرد و هم اکنون تأسیس واحد نجف اشرف در دست اقدام است.
خلاصه آنکه حضرت آیت الله میلانی درباره چگونگی تشکیل و برنامه‌های این بنیاد اینگونه می‌گویند:
«درس و بحث امامت اساساً در حوزه قم مطرح نبود و من درس تخصصی امامت را شب‌ها و در مدرسه آیت الله گلپایگانی شروع کردم تا اینکه آیت الله آقای حسینی بوشهری که مدیر حوزه بودند یک روزی آمد و به من گفت چون شما در مباحث امامت تخصص دارید این درس را در حوزه شروع کن که من ابتداء ‌نپذیرفتم ولی اصرار ایشان و دوستانش زیادتر شد که من هم قبول کردم و این درس را شروع کردیم. ابتدا در مدرسه آیت الله گلپایگانی و بعد مکانی را در خیابان دورشهر اجاره کردیم و بعد مدتی نیز ساختمانی را در خیابان صفاییه اجاره کردیم که این بنیاد در آن‌جا مشغول به کار است. ما همزمان چند کار را آغاز کردیم. اول: کتاب‌هایی که درباره امامت توسط علماء و بزرگان نوشته شده بود و به صورت خطی باقی مانده بود. ابتدا اینها را جمع آوری کردیم و بعد جمعی را دعوت کردیم برای احیاء و چاپ نسخه‌های خطی و کار را شروع کردیم و روی نسخه‌ها و کتاب‌ها کار کردیم. این بخش تحقیقات و احیاء آثار و کتب در بحث امامت و فعالیت‌های گسترده آن باعث گردید که ما بنیاد فرهنگی امامت را تأسیس کنیم، اما یکی از کارهای ارزشمند بنیاد تربیت مبلغان متخصص در مباحث امامت است از شهرستان‌های مختلف و از مراکز گوناگون از ما درخواست اعزام مبلغ می‌کردند که الآن ما مبلغان تخصصی خوبی در مباحث امامت داریم که به شهرستانها اعزام می‌کنیم. این بنیاد دارای مجله‌ای تخصصی به نام امامت پژوهی که به صورت فصلنامه منتشر می‌گردد و نیز دارای سایت مستقل می‌باشد. هم‌چنین در کنار تحقیقات این بنیاد، قسمت آموزش (معاونت آموزش) که این قسمت در تحت اشراف مدیریت حوزه علمیه قم و زیر نظر اینجانب اداره می‌شود. در این قسمت طلاب مستعد گزینش می‌شوند و آموزش تخصصی می‌بینند اولین دوره آن فارغ التحصیل شدند و به آن مدرک و گواهی‌نامه معتبر فوق لیسانس از سوی شورای مدیریت حوزه قم اعطاء شد و دوره‌های دوم و سوم در حال گذراندن آموزش تخصصی می‌باشند.»

4. تأسیس مرکز حقایق اسلامی

در زمانى كه فرقه هاى منحرف و مخالف مذهب تشيع با شبهه پراكنى و القاء آن در بين جوانان سعى بر منحرف كردن آنان از اصول دين خصوصاً مسئله امامت دارند، تأسيس مركزى براى پاسخگويى به شبهات و راهنمائى جوانان به سوى مبانى اصيل اعتقادى ضرورتى اجتناب ناپذير به نظر مى رسيد.
از اين رو مركز حقایق اسلامى با هدف حفظ و نشر آثار حضرت آيت الله حاج سید علی حسینی ميلانى(مدظله العالی) در شهر مقدس قم شروع بكار كرد.
آثار معظم له پس از چهار دهه تحقیق و پژوهش در زمينه مباحث كلامى، اعتقادى، اصولی و فقهی می باشد که براى اثبات مذهب حقه تشيع و تبيين مبانى اعتقادى و تقويت پايه هاى اصول مذهب، سد محکمی در برابر هجوم فرهنگی دشمنان و مخالفان است. مرکز حقایق اسلامی در راستای ترویج این علوم و ارزش ها به خود می بالد و افتخار می کند که طلایه دار این امر می باشد.
بخش های مختلف مركز حقایق اسلامی:
الف ) واحد انتشارات
انتشارات حقایق اسلامی پس از اخذ مجوز در سال 1383 ه ش، با هدف نشر آثار حضرت آيت الله حاج سید علی حسینی ميلانى (مد ظله العالى) و همچنین ترجمه، تحقیق و تدوین تألیفات معظم له، چاپ و توزیع در نمایندگی های فروش، آغاز به فعالیت نمود.
ج ) واحد سایت
د ) دیگر فعالیت های مرکز
*تربيت مبلغين جهت پاسخگویى شبهات اعتقادى
*ديدار با علمای اهل سنت جهت پاسخ دادن به سؤالات و اشكالات آنان
*برگزارى جلسات علمی از قبیل دروس اعتقادی و امامتی
*برگزارى جلسات و دیدارهای عمومی بنا به درخواست دانشجويان و اساتيد دانشگاه ها و طلاب حوزه هاى علميه
حضرت آیت الله حسینی میلانی از چهره‌های خدوم، خلاق، خوش قلم، و پرکار علمی حوزه علمیه قم به شمار می‌آیند که تا کنون بیش از صد عنوان از مباحث کلامی، اعتقادی، فقهی و اصولی را به رشته تحریر در آورده و به چاپ مزین شده است.
هم چنین آیت الله میلانی علاوه بر فعالیت‌های علمی، فرهنگی، اجتماعی، صدها جلسه سخنرانی پیرامون امامت و ولایت ایراد نموده‌اند که مجموع آن به صورت سی دی‌های صوتی و تصویری در اختیار علاقمندان به این مباحث اعتقادی می‌باشد که هم اکنون بیش از 600 حلقه سی دی و فیلم به دو زبان فارسی و عربی به صورت کامل آماده و می‌تواند برای پژوهشگران بسیار مفید باشد.
نرم افزار کنزالحقائق (گنجینه حقایق) نیز مجموعه‌ای متشکل از تألیفات حضرت آیت الله میلانی به زبان های فارسی و عربی می باشد که با امکان جستجو در متن کتاب‌ها دسترسی به مطالب را برای کاربران آسان نموده و نسخه سوم آن در شهریور ماه 1393خارج شد. هم چنین حضرت آیت الله میلانی از طریق سایت www.al-milani.com و ایمیل info@al-milani.com با دنیای خارج ارتباط دارند و تاکنون موفق به پاسخگویی هزاران سؤال از این طریق گردیده اند.